Indiciado por fraude no programa Segundo Tempo, o Instituto de Tecnologia Aplicada à Educação Novo Horizonte virou alvo de inquérito do Ministério Público por irregularidades em convênios firmados também com o Ministério da Ciência e Tecnologia em 2006, durante a gestão do ministro Sérgio Rezende.
A pasta está nas mãos do PSB desde o início do governo Lula. Coincidência ou não, o presidente do instituto encrencado é Antonio Carlos de Souza Medeiros, que concorreu a vereador de Buritizeiro (MG) pelo PSB em 2008. O TCU cobra a devolução de R$ 2,5 milhões repassados irregularmente para sua ONG.